Mitten aus dem Würzburger Stadtzentrum, in direkter Nachbarschaft des Kiliansdoms, erhebt sich die Kuppel der Neumünsterkirche und prägt das Würzburger Stadtbild entscheidend mit.

Der Überlieferung nach starb der irische Wanderbischof Kilian zusammen mit seinen Gefährten Kolonat und Totnan an der Stelle, an der heute das Neumünster steht, den Märtyrertod. Nach neueren Forschungen errichtete Bischof Megingoz im achten Jahrhundert an dieser Stelle einen Memorialbau, der die Erinnerung an den Martyriumsort wach halten sollte. In jener Kirche wurden nach ihrem Tod auch die ersten beiden Würzburger Bischöfe, Megingoz sowie sein Vorgänger Burkard, beigesetzt.

Um das Jahr 1060 gründete der heilige Adalbero das Stift Neumünster, in das die ersten Chorherren aus dem Würzburger Stift Sankt Stephan einzogen. Das neu gegründete Stift erhielt eine doppelstöckige Kirche, die bis 1250 erneuert und im Osten erweitert wurde. Eine bedeutende Rolle spielte das Stift im Mittelalter bei der Überlieferung von mittelhochdeutschen und lateinischen Texten: Bereits im 13. Jahrhundert verfügte das Stift über eine eigene Bibliothek und der Minnesänger Walter von der Vogelweide fand im Kreuzgarten seine letzte Ruhestätte.

Mit der Erweiterung waren die Umbauarbeiten jedoch keineswegs abgeschlossen: Im 14. Jahrhundert wurde die Kirche ausgemalt, Hinweise auf weitere Erneuerungen um das Jahr 1500 gibt es in der Wölbung des Marienchörleins. Zu Beginn des 17. Jahrhunderts erhielt die Kirche ein Gewölbe und im Zuge dieser Arbeiten wurde sie erneut ausgemalt – dieses Mal im Stil der Renaissance.

Nachhaltig veränderte der Bau sein Gesicht beim Übergang vom 17. ins 18. Jahrhundert: Die Chorfenster wurden vergrößert und der Westchor abgerissen. Bei der Gestaltung der Westfassade legten viele verschiedene Baumeister Hand an, orientierten sich bei ihren Entwürfen aber alle an römischen Vorbildern und schufen damit eine der eindrucksvollsten Barockfassaden auf deutschem Boden. Die barocke Überformung des Innenraums, die Freskierung des romanischen Teils der Kirche sowie die Ausmalung der Kuppel fallen ebenfalls ins 18. Jahrhundert. Erst mit der Installation des klassizistischen Chorgestühls sowie dem Sakramentsaltar fand die Ausstattung um 1781 ihre Vollendung.

Die Stiftskirche bildete mit ihrer Kiliansgruft, die im 19. Jahrhundert dem Zeitgeschmack entsprechend renoviert wurde, der Johannes-Nepomuk- sowie der Todesangst-Christi-Bruderschaft ein Zentrum barocker Frömmigkeit in Würzburg. Mit der Säkularisation wurde das Stift zu Beginn des 19. Jahrhunderts aufgelöst, die Kirche aber weiterhin von den Bruderschaften genutzt. Zwischenzeitlich wurden die sakralen Räumlichkeiten jedoch als Militärdepot zweckentfremdet. Doch trotz der nicht intendierten Nutzung: Die Kiliansgruft blieb das Ziel von Wallfahrern, während in der Kirche vor allem Schul- und Militärgottesdienste gefeiert wurden, ehe das Neumünster 1908 zu einer Tochterpfarrei des Doms erhoben wurde.

Der Stadtbrand am 16. März 1945 verwüstete das Neumünster zwar weniger stark als den Dom, doch wurden die Ausstattung im Kuppelbereich, das nördliche Chorgestühl sowie zahlreiche Gemälde Opfer der Flammen. Noch im selben Jahr wurden erste Sicherungsmaßnahmen eingeleitet und bis 1949 die Außenfassade renoviert. Bischof Matthias Ehrenfried konnte 1948 in der Kiliansgruft beigesetzt werden, die letztmals 1989 anlässlich des Kiliansjubiläums neu gestaltet wurde.

Bis zur Wiederweihe des Doms im Jahr 1967 diente das Neumünster als Konkathedrale des Bistums. Seitdem ist sie wieder Pfarrkirche. Noch bis heute ist die Kirche ein Zentrum der Kiliansverehrung. In ihr werden Gottesdienste der Pfarrei Dom/Neumünster gefeiert, sie dient als Ausgangs- und Zielpunkt der Kreuzbergwallfahrt und ist als Grabeskirche der Frankenapostel Zentrum der Kiliansverehrung.

Am 15. Mai 2011 wurde Pfarrer Georg Häfner (1900-1942) seliggesprochen. Er ist der jüngste Märtyrer der fränkischen Glaubensgeschichte. Sein Urnengrab befindet sich in der Kilansgruft des Neumünsters neben dem Schrein der Märtyrer Kilian, Kolonat und Totnan, die im Frankenland den christlichen Glauben grundgelegt haben.