Die Apsis wurde 1721 von D. Zimmermann mit Säulen und Pilastern in Stuckmarmor als Altararchitektur verkleidet. Die letzte Renovierung stellte die ursprüngliche Lichtführung am Altar wieder her. Der Apsisbogen wird durch reich vergoldeten Stuck hervor gehoben. Er trägt die Widmung Deo et Agno, Gott und dem Lamm. Die Plastiken auf den beiden Seiten zeigen rechts den Apostel Philippus, links Johannes den Täufer. Das 1724 von J. B. Zimmermann gefertigte Altarblatt stellt den Kirchenpatron in visionärer Schau auf der Insel Patmos dar.
Die von hinten belichtete Darstellung des apokalyptischen Weibes leitet zum Fresko mit der Darstellung der Anbetung des Lammes über. Der frei stehende Sakramentsaltar von 1778 ist ein Werk von J. G. Winterstein, der zwei Jahre später auch das elegante klassizistische Chorgestühl unter Verwendung der gotischen Stallen schuf. Dessen Aufsätze sind zum Teil aus Pappmaché gearbeitet, die linke Seite wurde 1951 rekonstruiert. Im Chor konnten romanische Türgewände freigelegt werden, die zu den Kapellen in den geplanten Chorwinkeltürmen führten. Den Bogen zum Chorjoch rahmen zwei Plastiken von J. P. Wagner aus der Zeit um 1760 ein. Dabei handelt es sich links um den Kirchenpatron, rechts um den heiligen Johannes Nepomuk unter dessen Patronat eine Bruderschaft an der Kirche bestand.
