Die heutige Kilianskrypta als Ort des Martyriums des heiligen Kilians ist barocken Ursprungs und nimmt in ihrer Bauart die Raumform der Kuppel auf. Der um 1250 gefertigte Kastenaltar mit Blattkapitellen trägt den Mitte der 1980er Jahre von Heinrich Gerhard Bücker aus Bronze gefertigten hausförmigen Kiliansschrein. Hier werden Szenen aus dem Leben Jesu denen der Glaubenszeugen gegenüber gestellt. Bücker schuf außerdem den 16-teiligen Kreuzweg der Kilianskrypta. Einen weiteren Akzent setzt der von Domkapitular Dr. Jürgen Lenssen geschaffene zwölftürmige Radleuchter.
Unweit vom Schrein der Märtyrer des 7. Jahrhunderts befindet sich das Urnengrab des jüngsten Märtyrers aus Franken, des seligen Pfarrers Georg Häfner, der am 20. August 1942 im KZ Dachau den Hungertod starb. Eine lebensgroße Statue aus Corten-Stahl, gefertigt vom Bildhauer Karlheinz Oswald, stellt uns ihn als standfesten Priester mit hoffnungsvollem Blick vor.
An der Ostwand der Krypta steht der Kilianssarg aus dem achten Jahrhundert mit einer Umschrift aus dem 14. Jahrhundert. Dieser Sarg barg nach der Erhebung die Gebeine Kilians. Eine Darstellung des Triumphators des zeitgenössischen Künstlers Michael Triegel aus dem Jahre 1993 hängt dahinter. Gleich daneben steht der Sarg des 794 verstorbenen Bischofs Megingaud mit einer karolingischen Inschrift. Die Inschrifttafel darüber stammt zwar aus dem Barock, sie kopiert jedoch ein Vorbild aus der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts. In der Krypta befinden sich außerdem die Gräber des 1948 verstorbenen Bischofs Matthias Ehrenfried und des 1974 verstorbenen Weihbischofs Karl Ebert.
Ein Steinsarkophag sowie eine Deckplatte mit Kreuz vom Kiliansplatz erinnern unter dem Gemälde „Beweinung Christi“ an die lange Tradition des Ortes: Sarkophag und Deckplatte stammen beide aus dem neunten Jahrhundert. Dem Wasser des barock eingefassten Brunnens wurden früher heilende Kräfte zugeschrieben. Die beiden Gemälde an der Westwand lassen sich auf die zweite Hälfte des 17. Jahrhunderts datieren und stammen beide aus der Werkstatt Oswald Onghers. Diese barocken Werke kamen als Schenkungen ins Neumünster und zeigen Szenen aus dem Leben Kilians. Im nördlichen Aufgang findet sich eine Laurentiusmarter des Hofmalers Christoph Fesel aus der Zeit um 1790.
