Wandert der Blick des Besuchers in Richtung Decke, so fällt er auf die Orgelempore. Diese hängt heute drei Meter tiefer als vor 1945. Das Instrument mit seinen 53 Registern stammt von der Firma Klais aus Bonn. Das Fresko mit der Darstellung der Erschaffung Adams wurde von Oskar Martin-Amorbach in den 1950er Jahren neu gemalt. Es leitet zum christologischen Zyklus von J. B. Zimmermann im Langhaus über und schafft die Verbindung zwischen Adam und Christus, der als der neue Adam gilt. Der Stuck im vierjochigen tonnengewölbten Langhaus wurde von Johann Georg Möhrlein vor 1721 gefertigt. Möhrlein ließ sich dabei vom Domstuck Pietro Magnos inspirieren. So finden sich neben Akanthusranken, Lorbeerzweigen, Palmwedeln und Blütenfestons auch zwei Adler – die Symbole des Kirchenpartons. Ein Stuckvorhang schließt zur Vierung hin ab. Der Vorhang trägt ein mit Fresken verziertes Medaillon der Gerechten des Alten Bundes, die durch Christi Tod erlöst wurden. Die heutige Farbgebung ist eine Rekonstruktion, die vorbarocken Fassungen waren weitgehend im Rot der Sandsteine gehalten. Der Boden des Kirchenraumes lag vor 1711 um 1,15 Meter tiefer als heute.
Die am Chorbogenkreuz mit seiner Perücke, einer Nürnberger Arbeit um 1470 bis 1510, beginnenden Fresken zeigen die Auferstehung und Himmelfahrt Christi sowie dessen Aufnahme beim Vater im Himmel. Lediglich das Fresko vor der Kuppel konnte freigelegt werden und zeigt nun wieder J. B. Zimmermanns luftige Malerei. An den Hochschiffwänden hängen in Stuckrahmen acht Gemälde von Thomas Lange mit Szenen aus dem Johannesevangelium. An den Pfeilern auf der Ostseite befinden sich Inschriften aus dem 14. Jahrhundert, die an verstorbene Kanoniker sowie Altarstiftungen und Weihen erinnern.
