Der Stuck der Seitenschiffe greift Motive aus dem Dom auf. Im nördlichen Teil befindet sich eine Stele aus dem Jahr 1988 von Lothar Forster. Sie zeigt einen stilisierten Lebensbaum und trägt einen von Domkapitular Jürgen Lenssen entworfenen Schrein mit Heiligenreliquien sowie zwei fränkische Plastiken der Heiligen Burkard und Bonifatius aus dem Jahr 1600. Im Süden ist eine Gedächtnisstätte für Bischof Adalbero mit einer Plastik von Ernst Singer und einem Epitaph von Peter Lorenz Emmert eingerichtet. Beide Werke stammen aus dem Jahr 1990. An gleicher Stelle findet sich auch der Adalberoschrein von Jürgen Lenssen.

Die Wände schmücken sechs Gemälde der Sieben Fälle Christi aus dem Kapuzinerkloster Kitzingen sowie zahlreiche Bronzeepitaphien, Denkmäler der Verstorbenen aus dem 16., 17. und 18. Jahrhundert. Aus dieser Sammlung ragt die schlichte tabula ansata, die gehenkelte Tafel, für den 1513 verstorbenen Humanisten Engelbert Funk am Übergang zum südlichen Querhaus heraus. Sie ist das älteste Renaissancekunstwerk Würzburgs. Die Bronzearbeiten stammen zumeist aus Nürnberg, seit dem späten 17. Jahrhundert wurden sie wohl auch in Würzburg gefertigt.

Das Grabmal des 1516 verstorbenen Abtes Johannes Trithemius ist das bedeutendste Grabmal des Neumünsters. Es wurde 1825 aus der Schottenkirche ins nördliche Querhaus übertragen. Die Darstellung des Humanisten in Sandstein stammt aus der Werkstatt Tilman Riemenschneiders. Links daneben befindet sich das aus Bronze gefertigte Renaissance-Epitaph des 1594 verstorbenen Stiftsdekans Vitus Krebser. Die beiden über Eck gestellten Altäre in den Querhäusern schuf J. P. Wagner. Der nördliche Thekla-Altar von 1761/1762 trägt heute ein Gemälde von Oswald Onghers, das die Auffindung des wahren Kreuzes durch Kaiserin Helena zeigt. Entstanden ist das Werk um 1675. Ihm gegenüber hängt ein Gemälde, das den jugendlichen Täufer Johannes zeigt. Es stammt ebenfalls aus dem 17. Jahrhundert und hing früher im Dom. Den 1773 geschaffenen Michaelsaltar im südlichen Querhaus ziert eine Darstellung der Übertragung des Heiligen Hauses von Nazareth nach Loreto. Das Gemälde wird dem 1786 verstorbenen Hofmaler Nikolaus Treu zugeschrieben.

Die Stuckmarmor-Altäre in den beiden Seitenschiffen wurden von einem Schüler B. Esterbauers gefertigt. Sie sind Stiftungen des Kanonikus Joh. Hermann Franz Papius. Der nördliche Apostelaltar aus der Zeit um 1722 zeigt auf dem Gemälde des Antwerpener Malers Peter Rüggeberg den Abschied der Apostel Petrus und Paulus vor deren Martyrien. Die Figuren stellten ehemals die Namenspatrone des Stifters, den heiligen Hermann und den heiligen Franziskus, dar. Die Figur des heiligen Hermanns ging im Zweiten Weltkrieg verloren und wurde deshalb durch eine Plastik Joh. Nepomuks ersetzt. Die romanische Mensa stammt wie der Hochaltar aus der Zeit um 1250.

Der südliche Altar aus dem Jahr 1730 trägt eine Madonnenfigur vor einem silbernen Baldachin aus der Zeit zwischen 1470 und 1480. Die begleitenden Figuren sind die Eltern Mariens, Joachim und Anna. Große Verehrung erfuhr die Figur vor allem im 18. Jahrhundert. Gegenüber des Altars steht eine Augsburger Silbermadonna von Caspar Riss, die ein Kanoniker im Jahr 1701 der Marienkapelle gestiftet hat. Die Rückwände des Chorgestühls schmücken zwei monumentale Gemälde des 1999 verstorbenen Künstlers Hann Trier. Das rechte Bild aus dem Jahr 1997 trägt den Namen „...den Wald vor lauter Bäumen“, das linke aus dem Jahr 1993 „Il ballo delle ingrate“.